Basenji vďaka svojmu starému pôvodu netrpí žiadnymi dedičnými a degeneratívnymi chorobami, ktoré trápia mnohé prešľachtenejšie plemená. To je jeden z hlavných dôvodov, prečo majitelia tohto plemena, ktorí chápu dôležitosť tohto faktu, tak dôsledne plánujú a registrujú vrhy, z ktorých je najmenšie riziko vzniku degeneratívnych chorôb u šteniatok, príp. u dospelých jedincov.
Jediným známym dedičným ochorením je Fanconyho syndrom FS, ktorým basenji môže trpieť a ide o vážne ochorenie ľadvín. Avšak vďaka spomínanému kontrolovanému chovu a vykonaním jednoduchých testov sa jeho výskyt zminimalizoval na ojedinelé prípady. Pri chove sa dbá aj na možné ochorenie očného pozadia PRA a PPM. Rovnako aj toto vyšetrenie je nekomplikované a bezbolestné pre psíka a zabezpečuje zdravie ďaľších generácií tohto plemena.
Fenky sa spravidla hárajú raz ročne, spravidla na jeseň.